事奉神的人是要從世俗中分別出來，成為聖潔以供神所用。屬靈領袖乃是分別為聖的人；“分別”是從負面看,“為聖”是由正面來看屬靈領袖應有的特質。希伯來話只有一個用詞來形容這兩個觀念── qados。摩西在申命記第二十二章九至十一節中使用此詞來強調分別的重要：“不可把兩樣種子種在你的葡萄園裏，免得你撒種所結的葡萄園的果子都要充公（tidqas）……不可穿羊毛細麻兩樣摻雜在一起的，光明與黑暗、基督與彼列、神的殿與偶像（林後六：14-16）原不相配的。事奉神的人必須要分別出來，並且要為聖、專一地事奉神。正如先知耶利米所言：“我未將你造在腹中，我已曉得你，你未出母胎，我已分別你為聖（Hiqedastikah）。”（耶一：5）先知撒迦利亞亦豫言彌賽亞的國度裏，百姓要“歸耶和華為聖”（qodes）。尼希米記的最後一章（第十三章）也是提出此主題－－分別為聖。
當尼希米尚未回巴比倫亞達薛西王面前述職前，他按照摩西的律法書，吩咐以色列人不可與外族人交往（尼一三：1-3）。然而當他離去後祭司以利亞實則與亞捫人多比雅結親，且將收存神殿中的素祭、乳香、器冊等物的大屋子，讓給多比雅住（尼一三：4-5）。當尼希米從巴比倫回來後，獲悉此事，即甚惱怒。他就為主大發義怒，將多比雅的一切家具都拋出去，並且進行潔淨聖殿之禮（尼一三：6-9）。當他發現無人供應利未人的生活需要時，他就立刻採取行動，吩咐百姓按照律法書上所言，按時供應他們的需要（尼一三：10-14）。由此可見，尼希米對神的殿與神的工人的看重，並且他不顧忌太多、畏首畏尾，裹足不前；反之，他首當其衝地潔淨聖殿，然後改革聖職的制度，使之更合乎律法的要求。
再者，以色列人把安息日世俗化，他們“在安息日醡酒、搬運禾捆、馱在驢上，又把酒、葡萄、無花果樹和各樣的擔子，在安息日擔入耶路撒冷。”（尼一三：15）並且摩西吩咐以色列人“向耶和華守安息日”（出一六：23），在十誡中如此說：“當記念安息日，守為聖日。六日要勞碌作你一切的工，但第七日是向耶和華你神當守的安息日，這一日你和你的兒女、僕婢、牲畜、並你城裏寄居的客旅，無論何工都不可作。”（出二○：10）安息日的原意乃是要人休息，並專心去禱告、敬拜和默想神的話，故此稱為聖日。摩西指出當以色列人不謹守遵行此安息日的誡命時，神就會使他們的地變為荒涼（利二六：34、35、43）。果然，因著以色列人的悖逆，他們被擄於外邦七十年之久（耶二五：11；二九章）。但是歸回本地的以色列人卻忘掉了神的鞭打，很快就觸犯了安息日的誡命。故此，尼希米斥責猶大的貴胃說。“你們怎麼行了這惡事，犯了安息日。”（尼一三：17、18）他就禁止商人在安息日作買賣，並且潔淨利未人來守城門，“使安息日為聖”（尼一三：19-23）。屬靈的領袖面對罪惡，絕不妥協，也不會將神的標準降低，更不會在壓力下低頭。尼希米乃是站在神的聖潔公義上，斥責罪惡，使百姓能分別為聖。
最後，尼希米尚要處理異族聯婚一事，“猶大人娶了亞實突、亞捫、摩押的女子為妻。”（尼一三：23）致使血緣、言語、宗教、道德攙雜不純，犯了以前所羅門王的罪，隨從了別國的偶像敬拜，離棄了耶和華。此是巴蘭的教訓，雖然神禁止他去咒詛以色列民，但是他領了巴勒的錢財，於是“將絆腳石放在以色列人面前，叫他們喫祭偶像之物，行姦淫的事。”（民二五：1-2；啟二：14）
於是尼希米就起來斥責當時的以色列人，甚至“咒詛他們，打了他們幾個人，拔下他們的頭髮，叫他們指著神起誓，必不將自己的女兒嫁給外邦人的兒子……”（尼一三：25）尼希米面對罪惡豪不退縮，他理正詞嚴地斥責罪惡；並且他要求百姓脫離罪惡，把與和倫人參巴拉為婿的大祭司以利亞實的孫子耶何耶大的兒子趕出去，以示懲戒（尼一三：28）。此書的結束如此記載：“這樣，我潔淨他們，使他們離絕一切外邦人，派定祭司和利未人的班次，使他們各盡其職……我的神啊，求你記念我，施恩與我。”（尼一三：30-31）
尼希米並非超人，他既不是君王、祭司，也不是先知，他是一個“平信徒”，但是他回應了神的感動，憂國愛民，匡濟時艱。回歸故國，為神的緣故以五十二天時間重建聖城的牆垣。又以十二年之久重建聖民的信心。今天神同樣地尋找一些分別為聖，敢於為真理站立得穩的屬靈領袖，來建立教會及信徒的靈命。
