二、基督在教会中的主权
在四福音中只有两次提到教会，且都是主基督讲的（太十六18；十八17）。除了书信之外，很少对教会有何解释。在新约中有关教会的教导，多在保罗书信，特别在以弗所及歌罗西两封书信。以弗所书强调身体的合一。歌罗西书强调基督是教会的头。耶稣基督是教会的救主，也是教会的元首。教会是他的身体（弗五23）。他成为教会的元首是父神所立定的。当他「从死里复活，叫他在天上坐在自己的右边。……又将万有顺服在他的脚下，使他为教会作万有之首。教会是他的身体，是那充满万有者所充满的」（弗一20-23）。
耶稣基督在成为教会元首的角色上，他发挥几项重要的功能：
（一）他指派教会的执事 教会既是一个生命的组织他就不能没有一些执事的功用。包括使徒、先知、传福音的、牧师和教师。他们都是基督给教会的恩赐（弗四7-11）。在哥林多前书十二章又提到其他的恩赐，是神从起初就赐予教会的。保罗为使徒是按神的旨意，而不是自己拣选的。是基督给他教会的恩赐。保罗在他所建立的教会中设立长老。但他分析这是基督藉着圣灵所设立的（徒廿28）。
耶稣对彼得说，「喂养我的羊」（约廿17），所以彼得成为群羊的牧者。彼得虽然常常被看为是使徒的领袖，但他自称为教会的长老（彼前五1），与其他的教会长老一样。他们都在大牧人的指挥下；站在他所分配的岗位上，运用他所赐的权柄去牧养群羊。
（二）他授权威与教会 在某些机会中耶稣将特别的权威授与使徒。当他差派十二使徒时，他给他们权柄能赶逐污鬼，并医治各样的病症（太十1）。当他们同来欢欢喜喜地报告说，「主阿—因你的名，鬼也服了我们」（路十17）。当彼得在该撒利亚腓立比承认耶稣为基督后，主对他说，「我要把天国的钥匙给你，凡你在地上所捆绑的，在天上也要捆绑。凡你在地上所释放的，在天上也要释放」（太十六19）。当耶稣从死里复活后，立刻第三次证实以前对彼得所讲的话，「耶稣向他们吹一口气，说，你们受圣灵。你们赦免谁的罪，谁的罪就赦免了。你们留下谁的罪，谁的罪就留下了」（约廿22-23）。
如果我们批评罗马天主教过份强调这教会赦罪的权柄，但抗罗宗更正教却走另一极端，却太轻忽教会赦罪的权柄。无疑的，更正教的行动是反对罗马天主教的。但最可惜的是：耶稣基督的教会没有重新得着那在使徒行传所记载，在第一世纪教会所运用的属灵权柄！
耶稣基督的目的是要她的教会装备一切的权柄，好叫教会在这世界中能发挥他的作用。约翰福音十三至十七章记载耶稣在楼上的谈论，他再三提及祷告的真理。明显的，他盼望门徒藉着奉他的名祷告，可以得到能力的源头：「到那日，你们什么也就不问我了。我实实在在的告诉你们，你们若向父求什么，他必因我的名，赐给你们。向来你们没有奉我的名求其么，如今你们求就必得着，叫你们的喜乐可以满足」（约十六23-24）。
只要翻看使徒行传，就会发现早期的教会如何广泛地运用耶稣基督所赋予的属灵能力。福音被传开了（徒八12），疾病得了医治（徒三6），魔鬼被赶逐出去（徒十六18），悔改归信的人受洗（徒二38），这一切都是奉主耶稣基督的名去作的。
不但如此，门徒还运用耶稣基督的尊名施行审判，彼得谴责行邪术的西门的罪说，「我看出你正在苦胆之中，被罪恶捆绑」（徒八23）。当保罗在居比路也用同样的方法对抗撒但的权势（徒十三9-11）。当彼得谴责亚拿尼亚和撒非喇的时候，他们立刻仆倒断气在他的脚前（徒五1-11）。保罗对哥林多教会那班背道的人，也作同样的责备（林前五5）。
哦！何等的可惜，教会在以后的年代却以别的能力取代圣灵的能力。第二世纪是用教会的能力；第三世纪是用经济的势力，第四世纪是用政治的势力；在十字军东征时是用军事的势力。在「基督教后期时代」来临的时候，教会慢慢地被不法的势力所掳掠，以属世的方法去达成属灵的目的，我们实在要痛哭求神怜悯。
（三）他接受教会的敬拜 启示录第五章记载，因为天上地下没有人配展开那封闭的书卷时，约翰大哭，后来长老中有一位对约翰说，「不要哭，看哪！犹大支派中的狮子，大卫的根，他已得胜，能以展开那书卷」。当书卷展开的时候，四活物和廿四位长老就俯伏在羔羊面前，说，「被杀的羔羊，是配得权柄，丰富，智慧，能力，尊贵，荣耀，颂赞！」
约翰又说，「我又听见，在天上，地上，地底下，沧海里，和天地间一切所有被造之物，都说，但愿颂赞，尊贵，荣耀，权势，都归给坐宝座的和羔羊，直到永永远远。四活物就说，阿们。众长老也俯伏敬拜」（启五13-14）。
常常有人要敬拜人。哥尼流俯伏在彼得的脚前要拜他，彼得却拉他说，「你起来，我也是人」（徒十25-26）。在吕哥尼那些敬拜原始精灵教的人，看见保罗和巴拿巴所行的神迹，以为是神明降临在他们中间，所以要敬拜使徒。但保罗却拒绝他们的敬拜（徒十四8-18）。使徒约翰当他要敬拜天使时，却被天使责备说，「千万不可，我与你，和你的弟兄众先知，同是作仆人的，你要敬拜上帝」（启廿二8-9）。
（四）他评价教会的服事 特权一定附带责任，而责任就要有结账评价。教会在运用能力和特权时，他是站在主耶稣基督的审判之下。信徒个人有一天要站在基督审判台前，按着他在今生中所作的受审判（林后五10）。「各人的工程必然显露，因为那日子要将他表明出来，有火发现。这火要试验各人的工程怎样」（林前三13）。
教会是个执行传福音作见证的机构，所以一直是在他的主耶稣基督的审判之下。教会在任何时代，任何地方，都要显出他的荣美和圣洁（弗五27）。要宣扬那召他们出黑暗入奇妙光明者的美德（波前二9）。教会的敬拜和见证都要带着圣灵的能力，而不是肉体的力量，或人的智慧。如果教会不能见证基督荣美圣洁的责任，其结果不但失去将来的赏赐，也失去他今日在世上为光为盐的角色。
启示录第二、三章七封给亚洲七个教会的书信，是扩大证明历代教会在考验中的地位。他一直是在那永活的主的监视之下。主在评价他的工作和见证。每封信的开始都是说，「我知道你的行为工作」。对得胜者，应许给他们赏赐。对失败者，警告要受刑罚。以弗所教会正处在灯台要被挪移的危险之中（启二5）。每封信的结束都警告说，「凡有耳听的，就应当听」。